Ainsi, Daniel Jackson, Jack O’Neil et un groupe de militaire se rend sur une planète lointaine, Abydos où les habitants vivent sous le joug de Râ. Alors que Daniel fait une « charmante rencontre », O’Neil se prépare à obéir aux ordres qu’il a reçu : faire exploser une bombe nucléaire sur la planète afin d’éliminer toute menace. Mais Râ ayant volé la bombe, s’en suit alors une quête ayant pour buts de récupérer la bombe, éliminer Râ et finalement protéger le peuple d’Abydos, pacifique. Pour se venger, Râ augmente la puissance destructrice de la bombe grâce à du Naquadah et a pour intention de l’expédier sur la Terre.
Après l’en avoir empêché, Jack O’Neil récupère la bombe et décide de l’envoyer dans le vaisseau de Râ, en orbite autour d’Abydos. La bombe explose, détruisant de fait, le vaisseau et ses occupants (Râ en tête). La planète n’est pas touchée et ses habitants sont désormais libres.
Alors que Daniel Jackson décide de rester sur Abydos en compagnie de Shau’ri (devenue Sha’re dans la série), l’équipe rentre sur Terre en déclarant officiellement que « Daniel Jackson est mort au combat et que la planète (et toute menace) a été détruite ».